重磅!新冠病毒发源地或不是华南海鲜市场,中国科学家通过构建新冠病毒的“家谱”,从遗传和进化的角度找到了证据

导读:这是一篇昨天突然出现在网络的学术论文。根据文章介绍,来自中科院副研究员郁文彬2月21日提交到 ChinaXiv (中科院科技论文预发布平台)的英文论文。文章直接打脸武汉P4病毒研究所研究员石正丽,突然承认武汉病毒并非来自海鲜市场。剧情的转换颇令人有些措手不及。石正丽是直接参与者,对于病毒的了解难道不比郁文彬更清楚吗?是什么令她第一时间做出引向海鲜市场的反应?又是谁让郁文彬在全世界基本定论为人为制毒的节骨眼上否认海鲜市场的?中共的黑幕永远深不见底,我们唯一知道的是,石与郁都是中共培养的科学家,他们尊重的是上级而不是科学,他们服从的政治而不是真理。

无论如何,这个时间点上放出该论文值得玩味。这里,且将原文奉上。

中国科学家在寻找新冠肺炎的发源地上,取得了突破性进展。

来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员,联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员,在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表重要研究论文[1]。

通过遗传学分析方法,郁文彬等发现,华南海鲜市场的新冠病毒应该是从其他地方输入的。换句话说,华南海鲜市场不是新冠病毒的发源地。不过,华南海鲜市场应该是新冠肺炎的引爆点。

他们还认为,新冠病毒可能在11月中下旬就在武汉广泛传播了。还有个好消息是,与SARS病毒和MERS病毒相比,新冠病毒的变异较低。

论文首页

那么中科院的科学家是如何破解谜团,得到上述结论的呢?

我们都知道,自从新冠肺炎在武汉爆发之后,科学家和医生纷纷猜测,华南海鲜市场就是新冠肺炎的源头。在2020年元旦,华南海鲜市场被关闭。

不过,武汉金银潭医院的黄朝林教授及其同事,1月24日在顶级学术期刊《柳叶刀》上披露的首批41名新型冠状病毒感染者的相关信息[2],挑战了上述假设。

在这41名首批确诊患者中,有13名患者不曾去过武汉华南海鲜市场。

更重要的是,最早发病的那名患者,在2019年12月1号就发病了,他没有去过武汉华南海鲜市场。而且,在12月10日第二批发病的3名患者中,也有2人没有去过武汉华南海鲜市场。

这意味着,最早感染武汉新型冠状病毒的患者,可能是在其他某个不为人知的地方被感染的[3]。

新冠病毒图(图源:NIAID-RML)

然而,华南海鲜市场已然关闭,目前的患者临床表现也表明,有很多新冠病毒感染者没有任何症状,因此,想从流行病学的角度分析新冠肺炎的发源地,几乎是不可能完成的事情。

随着新冠病毒的基因组数据越来越多,从遗传进化的角度溯源就变得可能了。

遗传学家可以通过新冠病毒的基因组信息,摸清不同新冠病毒之间的进化或亲缘关系。搞清楚谁是爸爸,谁是爷爷,谁是孙子,然后就可以给新冠病毒绘制个家谱了。

有了新冠病毒的家谱,我们就可以找到新冠病毒的祖先,然后循着这条证据线,就有望找到新冠病毒的发源地。

新冠病毒图(图源:NIAID-RML)

郁文彬等首先收集了世界各地科学家共享到GISAID EpiFluTM数据库中的93个新型冠状病毒样本的基因组数据。

初步分析发现,这93个新冠病毒中有140个位点的变异,其中120个位于基因编码序列中。基于此,他们将这些新冠病毒分成58种单倍型(可以简单的理解为是58个不同的新冠病毒)。

结合其他数据之后,他们发现与SARS病毒和MERS病毒相比,新冠病毒的变异较低。换句话说就是:当前新冠病毒还比较稳定。这可能是因为,新冠病毒相对比较温和,免疫系统没有给它们施加太大的压力。

变异位点分析

接下来就是最重要的分析过程:分析这58个单倍型之间的进化关系,也就是绘制它们的家谱。

我这里就直接放图了,下面的图就是这58个新冠病毒的家谱。

新冠病毒不同单倍型的进化关系图谱

上面那种图乍一看很复杂。我们先看右边的那个树杈一样的东西。

你可以明显看到它是由三部分组成,最上面的A组呈浅绿色,是一只脚的形状;中间淡紫色的B组是长方形;下面的C组没有背景色,一圈小圆圈围着一个大圆圈;D组和E组分别从C组的左右伸出一角。

也就是说,这58个新冠病毒的单倍型(编号为H1-H58)被分成了A、B、C、D、E五个组。他们的关系是,A组最古老,可以说是新冠病毒的祖先了,越往后辈分越低。这是个大概的情况。

然后,我请大家注意A组中的H13,B组中的H38(粉红色)和H3(四色圆饼),还有C组中的H1(最大的那个多色圆饼)。你甚至可以忽略掉上述几个单倍型周围所有的小圆圈,把它们四个单独拎出来看。

为了便于大家结合文字看图,我再放一次这张关键的图

这样的话,你就很容易发现两条简化路线:H13→H3→H1,以及H38→H3→H1。我们可以简单地认为这两条线就是祖孙三代之间的关系。H13和H38最古老,H3居中,H1最年轻。研究人员也认为,通过系统发育网络,基本可以认为H13和H38是新冠病毒的祖先单倍型。

不过研究人员也不排除还存在其他古老的单倍型,因为最早的感染者和12月初那部分感染者的数据,不包括在本研究之内。

新冠病毒两条可能的进化路径图

接下来我要告诉你的是,来自武汉华南海鲜市场的新冠病毒都是H1及其后代(H1周围那一圈),没有H13和H38;甚至整个武汉的样本中只出现了一个H3,而且与华南海鲜市场没有关系。

那么更古老的、爷爷辈儿的H13和H38是从哪里的患者体内分离的呢?

H13出现在了5个深圳患者体内,他们也是广东首批确诊感染者。而H38则来自美国首例确诊患者。他们的旅行记录表明,他们在2019年12月底至2020年1月初疫情爆发期间都到过武汉,但没有华南海鲜市场暴露史。

这说明,深圳那5名H13感染者和美国的H38感染者身上的病毒,有可能是通过武汉的医院或者其他不明渠道感染的。

新冠病毒不同单倍型的地理分布图

基于以上数据,郁文彬等认为,其他科学家的猜测应该没错,华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方输入的。

不过,研究人员还是非常期待能有早期感染者的样本可供分析,说不定可以从这些患者体内找到H13和H38的踪迹,这对于寻找新冠病毒的发源地非常重要。

希望武汉哪家医院里还保存着某个不为人知的早期患者的样本。

参考资料:

[1]. https://eprint.las.ac.cn/abs/202002.00033

[2]. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext

[3]. https://www.sciencemag.org/news/2020/01/wuhan-seafood-market-may-not-be-source-novel-virus-spreading-globally

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